La congregazione dei Legionari di Cristo fu fondata il 3 gennaio del 1941 dal sacerdote messicano, Marcial Maciel, sospeso a divinis il 19 maggio 2006. Il 13 giugno 1948 ottenne l'erezione canonica a congregazione di diritto diocesano mentre l'erezione canonica a congregazione di diritto pontificio si ebbe il 6 febbraio 1965 con decreto di lode di papa Paolo VI.




La congregazione è stata oggetto di due visite apostoliche cioè di indagini sulla vita nella congregazione, sulle sue Costituzioni e sulla sua amministrazione, sui casi di pedofilia, di violazione del segreto confessionale e delle relazioni sessuali che il fondatore aveva intrattenuto con donne dalle quali ha avuto anche alcuni figli. La prima, dal 1956 al 1959, non giunse mai a una formale conclusione a causa della morte di Pio XII. Nel 2004, l'allora cardinale Joseph Ratzinger chiese ed ottenne da Giovanni Paolo II l'autorizzazione a riaprire il caso, e incaricò delle indagini il promotore di giustizia Charles Scicluna. A seguito di questa nuova indagine, nel gennaio del 2005, Marcial Maciel Degollado fu costretto a dimettersi da direttore generale della congregazione e fu sospeso a divinis il 19 maggio 2006 dal Prefetto della Congregazione per la dottrina della fede, cardinale William Joseph Levada. Maciel è morto il 30 gennaio 2008 a Miami.



Nel marzo del 2009 la Segreteria di Stato della Santa Sede annunciò l'invio di una visita apostolica ai Legionari di Cristo dalla quale si attende un probabile commissariamento della congregazione. Il 23 giugno 2010 il Santo Padre nomina Velasio De Paolis C.S., Arcivescovo titolare di Telepte, suo delegato per la Congregazione dei Legionari di Cristo